經(jīng)物化處理后的含硫廢水往往仍含有一定量的硫，而且一般出水COD和氨氮超標，因此在物化處理的基礎上，常常還需進(jìn)一步作生化處理。但由于硫對生化系統有毒害作用，因此須注意采用適宜工藝以解除硫離子對微生物的抑制。
有氧生物氧化
在含硫廢水的生化處理中，菌種的選取是一個(gè)很關(guān)鍵的問(wèn)題。只有選擇那些在細胞外形成單質(zhì)硫的細菌作為含硫廢水處理的菌種，才能達到所需的處理效果，并且還應避免在生物作用過(guò)程中，硫化物轉化成硫酸鹽。研究表明，通過(guò)控制硫化物與氧的比例、硫化物濃度及硫化物的污泥負荷，用無(wú)色硫細菌在有氧的條件下氧化硫化物，最終可將硫化物氧化為單質(zhì)硫，以及少量硫酸鹽。
1993年荷蘭Paques公司首次用Thiopaq工藝，采用無(wú)色硫細菌以一定的生產(chǎn)規模去除經(jīng)厭氧處理的造紙工業(yè)含硫廢水．經(jīng)不斷改進(jìn)，已在生物脫硫領(lǐng)域得到應用．該工藝的核心是一個(gè)具有專(zhuān)利權的氣升式生物反應器，在該反應器中，硫細菌在接近常溫常壓條件下將硫化物氧化成單質(zhì)硫。該法采用稀碳酸鈉溶液吸收H2S，生成NaHS，與常規方法利用NaOH溶液吸收HzS相比，避免了對吸收液的二次處理，節省了費用。
生物接觸氧化法又稱(chēng)固定式活性污泥法，它兼有活性污泥和生物膜法的優(yōu)點(diǎn)．楊柳燕等人用二段生物接觸氧化法對經(jīng)汽提后的含硫廢水進(jìn)行了中試研究。結果表明生物接觸氧化法處理含硫廢水對進(jìn)水水質(zhì)變化的適應能力較強，出水水質(zhì)穩定，污泥生成量少，不產(chǎn)生污泥膨脹的危害．此外，該法生物膜上的生物相豐富，除細菌外，還存在求異菌屬的絲狀菌、多種菌屬的原生、后生動(dòng)物，容易形成穩定的生物系。
缺氧生物處理
研究人員在生物處理硫化物的實(shí)驗研究中，采用光合細菌進(jìn)行厭氧氧化，將硫化物氧化為單質(zhì)硫去除。Murtuza等人報道利用綠硫菌(GSB)，使用內徑為1．6mill的Tygon材質(zhì)管固定膜連續流光生物反應器處理含硫化氫廢水。最大含硫負荷可達1451mg/Ih，停留時(shí)間僅需6．74min，S2一基本去除。該技術(shù)需要大量輻射能，且當廢水中出現硫顆粒后，透光度會(huì )大大降低，影響處理效果。
利用反硝化細菌氧化硫化物是另一種缺氧生物處理，但反應中需要硝酸鹽，限制了該技術(shù)的使用。
其它生物處理技術(shù)
國外研究人員采用生物固定化技術(shù)對含硫廢水進(jìn)行了試驗研究．德國科技工作者將降解硫磷等9種農藥的酶，以共價(jià)結合法固定于多孔玻璃及硅珠上，制成酶柱處理硫磷廢水，去除率可達95%以上，且可連續工作70d，而酶活性無(wú)明顯損失。
